Você não deu muitos detalhes, mas isso parece um problema de hardware. As tomadas DVI podem transportar vários tipos diferentes de sinal. VGA é um sinal analógico, ele usa pinos diferentes no conector DVI para o sinal digital compartilhado pelo HDMI. HDMI não pode enviar VGA, DVI pode.
Você pode precisar examinar suas configurações gráficas. Se o hardware do seu PC puder enviar um sinal digital (provavelmente para um PC com DVI), pode ser configurado para emitir o tipo errado de sinal.
Você pode precisar fornecer mais detalhes sobre qual versão do linux você está usando para ajudar alguém a explicar como verificar as configurações de vídeo.