install Open MPI no HPC

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Eu quero instalar o OpenMPI em um cluster HPC do Linux com um gerenciador de recursos do Slurm. Eu sei como construir o OpenMPI regularmente a partir do código-fonte, no entanto, como instalá-lo para que ele seja instalado corretamente nos nós de computação também?

    
por airzinger1 16.02.2018 / 04:11

1 resposta

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Assim como na sua pergunta semelhante sobre mpich A resposta é instalar a versão empacotada do OpenMPI fornecida pela sua distribuição em cada nó do cluster.

Você está executando o Ubuntu, então:

apt-get install openmpi-bin

O pacote openmpi-bin depende de libopenmpi2 e openmpi-common , portanto, instalá-lo fará com que eles sejam instalados automaticamente.

Você também pode querer instalar a documentação ( openmpi-doc ) e / ou os cabeçalhos e libs de desenvolvimento ( libopenmpi-dev ) em outra máquina (talvez no nó principal do seu cluster) - estes não são necessários na nós de computação.

BTW, Se você tiver, por exemplo, pdsh instalado e configurado no seu nó principal, poderá instalar openmpi-bin em todo o cluster com um comando. por exemplo,

pdsh -g all 'apt-get update && DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y install openmpi-bin'

FYI, pdsh ("Shell Distribuído Paralelo") foi escrito por LLNL (que também foram os autores de slurm ) para ajudar a automatizar a administração e o gerenciamento de seus clusters. Ele foi escrito para ser um clone de código aberto aprimorado de um programa da IBM chamado dsh ("Shell Distribuído")

Também BTW, você pode encontrar uma lista de pacotes e pacotes openmpi do Ubuntu que usam o OpenMPI em: link

A lista inclui as versões dos pacotes disponíveis para cada versão do Ubuntu.

    
por 16.02.2018 / 04:28