Na minha cabeça: Você pode adicionar uma segunda entrada: "Driver64"
?
A seção equivalente no meu arquivo de configuração em /etc.odbcinst.ini é assim:
cat /etc/odbcinst.ini
[TDSdriver]
Description=only MSSQL, not for Sybase
Driver64=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/odbc/libtdsodbc.so
Setup64=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/odbc/libtdsS.so
UsageCount=1
CPTimeout=5
CPReuse=
Mas devo confessar que atualmente minha configuração não funciona realmente (mas costumava ser. Esqueci muitos detalhes sobre esses problemas)
Espero que isso ajude