Mesmo que seja tarde para postar aqui: Eu acabei aqui porque tive o mesmo problema. (Na verdade, um cronjob instalado automaticamente emitia um erro diário - eMail ao chamar ntpdate).
Como descrito em outros posts: no openVZ, um nó (seu VPS) não pode definir seu próprio horário. O tempo é derivado do terminal comum para todos os vps usando o kernel. A atualização de tempo deve ser feita para você pelo sistema de hosts. Se você estiver executando ele VPS você pode ativar a chamada de hora / data para um nó; No entanto, uma chamada de um nó mudaria o tempo para todos os outros ... talvez uma má idéia.
Para o meu problema ... eu simplesmente removi a chamada ntpdate do cronjob ... (a hora do servidor está correta e aparentemente mantida pelo meu host ...)