Uma solução é garantir que o carregador de boot esteja instalado no MBR do disco externo.
Se possível remova o disco interno antes de instalar o Ubuntu, certifique-se de que o Ubuntu só encontra o disco externo durante a instalação, quando você quer rodar o Windows7 você precisa selecionar o disco interno como dispositivo de boot em seu BIOS, executar Ubuntu você precisa selecionar seu disco USB externo como dispositivo de inicialização no BIOS.
Desta forma, você tem dois discos separados, ambos com informações sobre o MBR e um gerenciador de inicialização, mas sem interferência entre os dois.
Sobre os tamanhos e partições, se você estiver fazendo backups para o disco externo, eu recomendo que você faça um terceiro em outro disco apenas para ter certeza e durante a instalação do Ubuntu escolha "Instalar o Ubuntu ao lado do Windows", o Ubuntu tente redimensionar as partições no disco externo e instalar-se no espaço que você atribuir.
Se você não for fazer uso intensivo do Ubuntu por enquanto, 30Gb parece bom o suficiente, você pode redimensionar a partição mais tarde para ocupar mais espaço na partição de backup mais tarde, se necessário.