A versão estável (3.1.3) no repositório do Debian Stretch é meio antiga ( link ).
Então, instalei a versão 3.2.6 via pip3 install spyder --user .
Como posso executá-lo? Tentei: spyder , spyder3 , python3-spyder python3 spyder . Ele foi instalado corretamente e pode ser importado para um shell interativo.
Para executar o IDE após instalá-lo através de pip :
Descubra onde ele está instalado com pip3 show spyder . Será algo como: .local/lib/python3.5/site-packages .
Vá para o subdiretório spyder/app/ , lá você encontrará start.py . Execute-o com python3 start.py .