Este é um problema específico da sua configuração. Tente desativar quaisquer extensões, scripts ou ajustes do gnome que você tenha feito que estejam afetando o gnome e, pelo processo de eliminação, descubra o elemento problemático.
Ao solucionar problemas como este, não deixe de pesquisar na Internet. Eu estava experimentando o mesmo problema, e não encontrar muitos resultados e relatórios relevantes quando a pesquisa me fez perceber que provavelmente é algo com minha configuração específica.
Eu lembrei que instalei um monte de extensões do gnome recentemente e tentei desativá-las todas juntas. Isso consertou as falhas. Então, pelo processo de eliminação, descobri que era a extensão "indicador Forex" em particular. Ao removê-lo, meu PC estava suspendendo normalmente sem uma falha no shell do gnome.
Também pode ser um script personalizado se você adicionou algum ou qualquer outro ajuste que você tenha feito ao gnome.