O Windows não deve fazer nada a menos que você responda sim a uma consulta para reparar ou formatar um volume quando ele é montado.
Mas, como este link diz: O comportamento do Win 10 mudou de ignorar ext4 FS para pedir para modificá-los. Quem sabe o que a Microsoft fará em seguida.
Existem soluções alternativas no link, montando o volume em loop ou usando UDF, mas elas não resolvem o problema no núcleo.
O Windows Server pode desativar o automount no registro, mas acabei de verificar minhas chaves de registro do Win10 e não consigo encontrar o equivalente em uma instalação de desktop. Apenas parecem ser opções de montagem para ISO / VHD / Sharepoint.