O LibreOffice Draw não funciona para mim, pois as fontes ficam completamente bagunçadas, o que então desativa a formatação do documento.
Aqui estão três soluções que, para mim, funcionaram consistentemente ao longo dos anos.
PDF-shuffler
Eu faço muita combinação de documentos PDF (como no Cenário B) e acho o PDF-shuffler simples e conveniente. Eu também usei-o para extrair páginas de um documento pdf maior e ele funciona bem lá também. A PDF-shuffler GUI é simples e funciona de forma consistente.
Gimp
Às vezes, para o cenário A, você só quer converter o PDF em uma imagem e manipular a imagem. Se você não sabe a diferença entre um gráfico vetorial e uma imagem, provavelmente deseja converter em uma imagem e o GIMP faz um bom trabalho com isso. Quando você abre um PDF com o GIMP, ele fornece algumas opções sobre como você deseja convertê-lo. Preste atenção na opção de resolução. Escolha um número maior para um tamanho de arquivo maior e uma imagem mais detalhada.
Inkscape
A verdade é que não há uma maneira super fácil de editar arquivos PDF seguindo o cenário A acima. Isso ocorre porque o PDF é um formato universal e parte da estrutura do documento é perdida quando é convertida em PDF. Um exemplo simples: se você pegar um relatório de 3 páginas e convertê-lo em um PDF, terá quebrado os links entre o texto em cada página. Se você editar a versão em PDF e excluir um parágrafo na primeira página, o texto das páginas 2 e 3 não fluirá automaticamente para a primeira página. Seria muito mais fácil editar esse documento no programa original usado para criá-lo.
Mas, por qualquer motivo, você não tem o documento original, então está trabalhando em um PDF. Portanto, defina suas expectativas adequadamente ao editar um documento PDF seguindo o cenário A.
Depois de definir suas expectativas, você verá que o Inkscape é a melhor ferramenta para a maioria dos trabalhos aqui. Ele permitirá que você importe uma única página do documento PDF como um gráfico vetorial do inkscape. Haverá algumas coisas agrupadas que realmente não fazem sentido, e você pode ter que mudar algumas fontes (supondo que você não tenha as fontes originais instaladas), mas na verdade é bem legal.
Existe uma curva de aprendizado para o Inkscape, mas a verdade é que você não pode manipular o PDF sem usar algum programa com uma curva de aprendizado. Para o meu tempo, eu prefiro investir isso em aprender Inkscape - um ótimo aplicativo para criar gráficos vetoriais que podem ser úteis para muitos cenários diferentes - do que eu tentaria descobrir como usar uma ferramenta especial apenas para editar PDFs.
Boa sorte