O x2go apenas usa o ssh sob o capô para conectar-se à máquina remota e você não configura manualmente os túneis ssh.
Quando você se refere a conectar-se diretamente , assumindo uma conexão X11 direta, isso não seria criptografado e, teoricamente, qualquer coisa como comandos e senha digitados por você podem ser lidos por terceiros. O tunelamento do X11 através do SSH previne este problema de segurança.
Outro benefício é que você só precisa abrir o SSH em qualquer firewall entre eles, portanto, se a conexão SSH estiver funcionando, a conexão do x2go também funcionará.