As aplicações predefinidas são especificadas em Todas as configurações - > Detalhes - > Aplicativos padrão .
Se o navegador da Web padrão estiver definido no Chrome, mas os links de outros programas ainda estiverem sendo abertos com o navegador padrão definido anteriormente, isso pode ser algum tipo de problema de cache do Gnome ou aplicativo de terceiros - no seu caso Pidgin .
Este é um palpite cego, mas acho que tentaria reinicializar, e se ainda não houver resultado, purgaria o Pidgin e reinstalaria.
Outra opção seria remover o Opera. Como você já tem seu navegador favorito, provavelmente não precisa do outro, a menos que tenha um motivo especial para isso.