Você pode usar o "activity-log-manager" do Zeitgeist para evitar que o seu sistema escaneie sua pasta Downloads.
1. Instale o gerenciador de log de atividades
Abra um Terminal (pressione Ctrl + Alt + t ) e digite:
sudo apt-get install activity-log-manager
Você será solicitado para o seu passwort. Digite, confirme e prossiga.
2. Configurar o registro de atividades
Para abrir o gerenciador de log de atividades, pressione Alt + F2 e digite activity-log-manager . Pressione Enter .
Agora configure como quiser, por exemplo: Tudo na pasta fornecida (aqui "Downloads") não será mais registrado.
Além disso, ele não será mais exibido em "recentemente baixado" no painel de unidades.