Acho que encontrei uma solução!
Eu uso um script que detecta o SSD maior (meu disco rígido) e o disco rígido maior (minha chave usb), então eu uso minhas variáveis para designar o destino da instalação e a origem da instalação com% bootloader --boot-drive=$BIGGER_SSD
harddrive --partition=${BIGGER_HDD}1 --dir=/