Eu não estou familiarizado com o Backblaze, mas a solução geral é colocar seus arquivos em um arquivo adequado (por exemplo, tar) e fazer um backup desse arquivo na nuvem. O arquivo contém (na maioria das vezes) as permissões do Unix, então quando você restaurar primeiro o arquivo e depois os arquivos reais do arquivo, você deve obter o antigo estado de permissão.