Eu não sei exatamente o que você está perguntando, mas talvez apenas exclua o diretório explicitamente?
find /home/user/data/ -not -path $variable -not -newer $variable
Isso funciona se você quiser excluir um local específico.
$ mkdir -p a/b
$ find a -not -newer a
a
a/b
$ find a -not -path a -not -newer a
a/b