Você dá pouca informação. Parece que o Hydra é um pacote pré-compilado para o Cygwin? E quando você executa o Hydra com -x , ele fornece a mensagem de erro?
Se esse for o caso, o criador do pacote Cygwin para Hydra não terá o arquivo de cabeçalho math.h C disponível quando tiver sido compilado. Isso é bastante estranho, talvez o sinalizador de vinculador -lm do GCC estivesse faltando. Então isso é algo que você precisa levar para o mantenedor do pacote no Cygwin.
Caso você mesmo tenha compilado, é realmente estranho que você tenha um compilador C que não seja fornecido com math.h .
Se você o instalou por meio de um pacote e precisa executá-lo no Windows, talvez seja necessário instalar as dependências e compilar a Hydra por conta própria.