Existe um artigo fantástico aqui sobre como para remover entradas indesejadas do menu. Vou te dar um breve resumo, mas vale a pena uma leitura completa.
Você desejará executá-los no Terminal:
mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/evolution ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/evolution
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/empathy ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/empathy
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/gwibber.indicator ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/gwibber.indicator
Isso removerá CHAT, BROADCAST e EVOLUTION do menu. Eu não posso te dizer como instalar o Thunderbird, no entanto; Este comando pode fazer isso, mas não há promessas. Eu não uso o Thunderbird, então não posso dar uma resposta absoluta.
sudo cp /usr/share/applications/thunderbird /usr/share/indicators/messages/applications/thunderbird