Supondo que NX você mencionou em um comentário é NoMachine , e sabendo que depois de iniciar uma nova sessão, o problema desapareceu e não teve nenhuma experiência direta com o NX, Acredito que o software NoMachine em execução no destino herdou um PATH que foi exportado do ambiente em que foi iniciado. Esse ambiente tinha o PATH "antigo". Depois de editar o seu .bashrc para atualizar o PATH, você tinha que reiniciar a sessão do NX para que pudesse iniciar um novo processo e ler seu .bashrc atualizado.