GlimmerHMM dando erro de "falha de segmentação" durante a predição de gene

Question

Estou tentando fazer uma previsão genética usando o GlimmerHMM. O modelo de treinamento foi completado com sucesso, mas durante a previsão está dando "falha de segmentação".

command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g

Por favor, dê sugestões.

    

Answer 1

Eu não estou familiarizado com este programa em particular, mas talvez este post ajude você ...

Suponho que você esteja se referindo a este programa página de download do glimmerhmm .

Se sim ... você compilou o programa a partir do código-fonte ou você conseguiu uma versão pré-compilada de 64 bits?

Quando eu executo o programa compilado, sem nenhuma opção, na minha máquina eu pego o menu de opções assim:

USAGE:  ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options] 
Options:
-p file_name     If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name      Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name     Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2, ... , file_name.n f
-n n             Print top n best predictions
-g               Print output in gff format
-v               Don't use svm splice site predictions
-f               Don't make partial gene predictions
-h               Display the options of the program

O menu de uso do programa indica que corresponde à sua lista de opções de linha de comando.

Portanto, existem algumas possibilidades:

1. De alguma forma, a compilação do programa deu errado e não funcionou ... faltando biblioteca ou algo assim.
2. Não existe um diretório chamado Directory e, em vez disso, você precisará especificar algo como ~/my_training_directory
3. Você está tentando executar um programa de 64 bits em uma máquina de 32 bits.