Depois de fazer uma comparação dos arquivos PDF brutos em um editor de texto, tenho uma solução:
Substitua a linha
<</Type/Catalog/Pages 2 0 R/Lang(en-GB) /StructTreeRoot 32 0 R/Outlines 24 0 R/MarkInfo<</Marked true>>>>
com
<</PageMode/UseOutlines/Outlines 3 0 R/Pages 4 0 R/MarkInfo<</Marked true>> /Type/Catalog/Pages 2 0 R/Lang(en-GB) /StructTreeRoot 32 0 R/Outlines 24 0 R/MarkInfo<</Marked true>>>>
e agora os favoritos abrem automaticamente na abertura.
Resta saber se isso funcionará em diferentes arquivos pdf ......