Existem duas maneiras de fazer isso:
A primeira opção é atualizar a variável $XDG_DATA_DIRS . No entanto, seus arquivos .desktop devem estar no diretório $XDG_DATA_DIRS/applications/ . Portanto, você precisa criar o diretório /software/applications para os arquivos .desktop e anexar /software a $XDG_DATA_DIRS . Depois disso, execute o comando update-desktop-database para atualizar os caches. Isso é fornecido pelo pacote desktop-utils .
A outra opção é executar xdg-desktop-menu install nos arquivos .desktop . Este programa faz parte do xdg-utils e cuidará automaticamente de qualquer ambiente não padrão e também poderá ser executado pelo usuário normal. Isso também facilita a desinstalação, pois você pode executar apenas xdg-desktop-menu uninstall . Veja man xdg-desktop-menu para detalhes.
Minha recomendação pessoal seria usar os vários programas xdg-utils para quaisquer atualizações relacionadas à área de trabalho. Eles são muito mais fáceis de lidar do que mexer com variáveis de ambiente.