Se o único problema é que o arquivo de imagem é muito curto, você pode tentar anexar 2879 * 512 zero bytes ao arquivo floppy.img
:
dd if=/dev/zero count=2879 bs=512 >> floppy.img
Por outro lado, se você precisar armazenar algo mais do que apenas o setor de inicialização na imagem de disquete, será necessário criar um sistema de arquivos FAT. A maneira de fazer isso é usar um dispositivo de loop.
sudo losetup /dev/loop0 floppy.img
sudo mkfs -t fat /dev/loop0
sudo mount /dev/loop0 somedir
em que somedir
é um diretório vazio em que /dev/loop0
está montado. Agora você pode copiar os arquivos necessários para este diretório.