É quase certamente um problema de hardware, provavelmente o disco rígido em si.
Há, no entanto, uma outra coisa que vem à mente. Se é um Thinkpad, é um sistema Intel e os controladores SATA da Intel têm um modo de operação alternativo (listado como modo 'RAID' na configuração do firmware) que não é suportado pelo Linux (e existe apenas para que a Intel possa solucionar problemas de eficiência de energia em os drivers do Windows AHCI em estoque). Eu sei que pelo menos alguns Thinkpads vieram com este modo habilitado por padrão, e eu acho que a série não tinha como mudar isso para qualquer outra coisa (e houve um grande tumulto sobre isso na época entre a comunidade FOSS).