Você precisa de um symlink em /etc/rc3.d para este arquivo. O nome precisa começar com maiúscula S e, por convenção, tem 2 dígitos e um nome como nppd.
Os arquivos são classificados por nome, então os dois dígitos efetivamente dão o pedido.
Para poder usar o update-rc, você precisa de alguns comentários mágicos no arquivo.