Você deve adicionar uma instrução ; in if do ponto-e-vírgula antes de then e em for antes de do . Se não houver mais problemas, deve funcionar. Também não estou melhorando seu script.
O script.
for CHECK in $(awk '{print $1}' hello | grep count=| cut -d"=" -f1); do
if [ $(grep $CHECK output.txt | awk '{print $2}') -ne 0 ]; then
echo "$(grep $CHECK output.txt)" | mailx -s "CHECK ABC PROCESS" [email protected]
fi
done
Além disso, você não deve ter seu comando cut como cut -d"=" -f2 para obter o valor numérico? Também é melhor executar seus comandos fora do loop para ver se você obteve algum resultado ou não.