Esta é uma solução horrível. Mas vai funcionar. Preste atenção nos caminhos e no campo de corte a ser definido com base na sua estrutura de diretórios.
for i in 'find original/ -type d | grep -v 'original/$'';
do foldernames='echo $i | cut -d "/" -f 3-';
mkdir -p dest/$foldernames ;
ls $i | tail -n 100 | xargs -i -t mv $i/{} dest/$foldernames ;
done