Você evidentemente configurou a fonte para uma instância específica do aplicativo e não para uma classe de aplicativo. Instância e classe são conceitos de recursos X . O parâmetro de linha de comando -name define o nome da instância (com o nome padrão do executável); o nome da classe é sempre URxvt (mais Rxvt usado como fallback).
Em nomes de recursos X, convencionalmente, os nomes das classes começam com uma letra maiúscula e os nomes das instâncias começam com uma letra minúscula.
Para que suas configurações sejam sempre aplicadas, defina URxvt.font em vez de urxvt.font , etc.