Seu programa específico você precisa fazer o seguinte:
cd to your directory
então
./configure --prefix=/usr --with-drivers='acr122_usb,acr122s,arygon,pn532_i2c,pn532_spi,pn532_uart,pn53x_usb,acr122_pcsc'
Você precisará ter instalado o libpcsclite para compilá-lo.
Depois de todo o processo, basta executar
make && make install
Se precisar de ajuda para instalar o libpcsclite, pode seguir este site
Espero que ajude
PS. se você precisar de informações mais específicas ./configure --help é um bom ponto de partida, e você também pode ler o arquivo INSTALL que vem com o tarball
Editar:
Eu sugeriria que você tentasse primeiro da maneira mais simples ... Eu posso ver que a compilação e a construção são bastante novas para você, a libudev faz parte do systemd e você provavelmente não precisa apagar isso do seu sistema. Por outro lado, se você realmente precisa usar o libusb, você precisará preencher as dependências que aparecem durante a compilação.