Supondo que o servidor deva ser principalmente um membro do domínio A, eu faria o seguinte:
domain domainA
nameserver 10.1.2.3
nameserver 10.1.2.4
nameserver 20.1.2.3
nameserver 20.1.2.4
search domainA domainB
Observe que isso pode não ser uma solução ideal para você, mas cada servidor deve ser apenas um "membro" de um único domínio. Ele pode ter uma presença em outros domínios e até ter um registro A em outros domínios, mas o PTR para o endereço IP primário desse servidor deve sempre apontar para um único domínio.