Primeiro, você tem certeza de que o convidado não se desligou depois de esperar tempo suficiente para que os serviços parassem?
Suponho que você esteja usando o libvirt para gerenciar suas VMs do qemu. Se você quiser personalizar quanto tempo seu systemd local fornece à libvirtd para encerrar seus convidados, acredito que você definiria TimeoutStopSec em uma unidade drop-in do systemd correspondente a libvirtd.service. Consulte aqui para obter mais informações sobre isso.