OK, entendi. direto da fonte, arquivo: nm-dnsmasq-manager.c
/ * O dnsmasq pode ler a localização do arquivo de configuração padrão, que se esse local for um arquivo de configuração válido, ele será combinado com as opções aqui e causará efeitos colaterais indesejáveis. Como o envio de endereços IP falsos como o gateway ou o que for. Então diga ao dnsmasq para não usar nenhum arquivo de configuração. * /
O NetworkManager tem inveja dos valores de configuração do dnsmasq e não permite interferência externa com eles. O NetworkManager constrói internamente e emite a linha de comando que inicia o dnsmasq e, ao fazê-lo, inclui a diretiva --conf-file (blank), que impede o uso de qualquer arquivo de configuração dnsmasq fornecido pelo usuário ou pelo sistema.