Depende de exatamente o que está sendo iniciado a partir do seu pen drive.
Em geral , qualquer coisa que você inicializar a partir de uma unidade USB, CD ou outro meio de inicialização tem controle completo sobre o seu computador e todos os seus dispositivos (disco rígido, interface de rede, etc.) Quero ter certeza de que você só usa mídia de boot de uma fonte confiável para não ser malicioso.
No seu caso , eu assumo que você está falando sobre CDs ao vivo do Linux, como os fornecidos pelo Ubuntu, Arch Linux e praticamente qualquer outro Linux principal. distribuição.
Eles não contêm apenas o kernel do Linux, mas também incluem um conjunto de programas que fornece recursos como um shell para executar comandos ou uma interface gráfica com o usuário.
Como o nome indica, esses CDs "live" são inicializados em um ambiente independente que é executado diretamente da mídia de inicialização (e desaparece quando você desconecta a unidade USB ou ejeta o CD).
A menos que você diga especificamente para eles fazer algo no disco rígido, eles não tocarão nele.