Você não pode hardlink entre FS você precisaria de links simbólicos.
Something like a hard link of to the WWW and USR directories on the hard drive or second USB disk, as well as VM and other partitions.
De qualquer forma, você poderia tentar particionar um usb corretamente com o grub e torná-lo ativo e primário e dd ou algo parecido com o seu trabalho de instalar volumes na outra partição do usb. Na parte de ligação, você deve certificar-se de que os dispositivos sejam sempre reconhecidos da mesma forma e editar o arquivo fstab para que os diretórios "usr" "www" apontem para outros drives USB com volumes neles com os dados. O jist é um sistema operacional móvel já é possível, mas a subdivisão de que você fala talvez seja difícil