Ao alterar o tamanho da extensão, o tamanho VG existente precisa ser um múltiplo do tamanho da extensão. No seu caso, o tamanho VG existente é de 259 extensões * 4 MiB = 1036 MiB. Se você planeja usar um tamanho de 16 MiB, o tamanho VG existente não é um múltiplo disso (1036 MiB / 16 MiB tem um resto).
Do seu vgdisplay, vejo que você não tem LVs alocados no VG, então o mais fácil no seu caso é remover o VG existente:
vgremove vg3
e, em seguida, recrie-o com
vgcreate -s 16m vg3 /dev/path_to_the_pv_dev