Isso é bem básico:
awk '$1==$3{$4="X";print;next}{$4=$2}1' file
Você não precisa da fórmula if
, apenas coloque a condição na frente das chaves.
A01 106403746 A01 0
A01 106720129 A01 690201.72
A01 106420797 A01 1345008.48
A01 106021633 A01 1345008.48
A01 106021630 A01 1345008.48
A01 106369397 A01 1345008.48
A01 77894226 A01 3291731.28
A01 106625479 A01 3291731.28
B01 112178282 A01 3291731.28
A01 77599901 A01 3291731.28
A01 106805991 A01 3291731.28
A01 106885583 A01 3291731.28
A01 106642966 A01 3291731.28
A01 106545175 A01 3291731.28
A05 44887670 A01 3291731.28
Tentei:
awk '{if ($1 == $3) print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4==x}' input_file|less -S
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