gpg
tentará carregar as chaves de ~/.gnupg
e não listará "Todas as chaves no sistema", pois cada usuário possui um chaveiro separado. Você não pode fazer isso.
No seu caso, o aplicativo gpg
tentará listar as chaves de www-data
, php
ou qual é o nome do usuário que possui o processo php
.
Você pode alterar o local das chaves manipulando a variável de ambiente GNUPGHOME
ou HOME
ou definindo o --homedir
to gpg
. Esta opção não está disponível em todas as versões gpg
.