Como regra geral, você está normalmente montando partições seguras que são suspeitas de estarem infectadas, contanto que o seu sistema não esteja configurado para executar automaticamente qualquer coisa delas (e supondo que o malware não esteja não está usando um bug nos drivers do sistema de arquivos, mas isso geralmente é uma suposição segura).
No que diz respeito à quantidade de varredura suficiente, se você tiver certeza de que o malware está presente, provavelmente será melhor retirar os dados do dispositivo e reinstalar do zero. A digitalização não é 100% confiável e só pode detectar com segurança coisas que o scanner conhece. Para a varredura genérica, eu geralmente acham que o ClamAV é confiável para varredura offline de sistemas Windows, e eu suponho que ele funcionará bem no Linux, mas nunca o usei em um sistema Linux. O rkhunter e o chkrootkit são realmente projetados para verificar sistemas em execução, não off-line (todas as suas verificações heurísticas analisam apenas o sistema ativo, portanto, eles só podem verificar se há malware conhecido).
No que diz respeito a outros sistemas operativos, deve também verificá-los, especialmente se encontrar alguma coisa. Para o espaço de troca, basta limpá-lo ( blkdiscard /dev/sda5
se estiver em um SSD, dd if=/dev/zero of=/dev/sda5
se for um disco rígido) e recriar o cabeçalho de troca. Para o lado do Windows, se você tiver o Windows inicialize e informe ao Windows Defender ou qualquer outro software antivírus que você use para executar uma verificação completa (isso verificará todas as partições).