Consegui resolver o problema. Quando compilado, o Gitlab-Runner incorpora um conjunto de imagens docker pré-construídas para cada arquitetura que ele usa usando o go-bindata em si mesmo. Quando alguém executa o gitlab-runner, ele extrai o binário embutido adequado para o sistema e tenta usá-lo para executar suas tarefas. Como eu estava alvejando o executor docker em uma máquina x86, ele puxou o que ele pensava ser uma imagem x86, meu patch tinha fornecido uma AMD64. Como resultado, o docker erraria e o gitlab-runner eliminaria a compilação e a reclamação. O truque era voltar para a prancheta e compilar uma imagem pré-construida do x86. Eu só descobri como fazer isso invocando a imagem pré-construída diretamente do docker, algo que só é possível fazer quando o gitlab-runner já estiver instalado e executado pelo menos uma vez.