Não me parece que haja uma maneira de ativar as notificações para isso, pelo menos não se você estiver usando o Unity.
No entanto, você pode definir sons para reproduzir sempre que receber uma mensagem em Editar & gt; Preferências & gt; Sons :
No entanto, você pode ter notificações exibidas (quer você goste ou não) se você usar o Empathy através do GNOME Shell sem que sua janela de bate-papo esteja focada. Uma notificação será exibida na parte inferior da tela, mostrando as mensagens e até mesmo permitindo que você digite uma resposta.
Sei que isso equivale a minha resposta, basicamente, "use sons ou mude sua sessão", mas é o melhor que posso fazer.