Você não precisa fazer o backup de .gvfs para que seu backup seja bem-sucedido. Esta pasta armazena informações sobre sistemas de arquivos atualmente montados no espaço de usuário. Se você restaurar o diretório inicial de um usuário sem a pasta .gvfs , ele será recriado e preenchido novamente, conforme necessário. Na verdade, a solução proposta no bug 225361 era colocar as pastas .gvfs dos usuários em algum lugar além de seus diretórios home (como em /tmp ), então eles seriam automaticamente ignorados por qualquer operação que visasse apenas o conteúdo dos diretórios home dos usuários.
Você disse que tentou excluir /home/*/gvfs/* e /home/.../.gvfs . O primeiro excluiria pastas chamadas gvfs (em vez de .gvfs ) nos diretórios iniciais dos usuários. E o último, supondo que você esteja dizendo literalmente, excluiria pastas chamadas .gvfs no diretório chamado ... in /home (o que quase certamente não existe, pois não pode haver um usuário com nome de usuário ... , mas mesmo se o fizesse, não resolveria o problema).
O que você deseja fazer é excluir .gvfs (com o principal . ) no diretório inicial de cada usuário. Isso é representado por: /home/*/.gvfs