Formate o disco em vfat usando sua instalação do Ubuntu.
sudo fsck.vfat -f -p <partition name>
Instale o smartmontools e execute um teste no seu pendrive.
sudo apt-get install smartmontools
Então
sudo smartctl -a /dev/sda | less
para imprimir dados de integridade da unidade, atributos e resultados de testes disponíveis. Para sair menos, digite q. Alternativamente
sudo smartctl -H /dev/sda
para imprimir apenas dados de saúde.
Para iniciar um novo autoteste curto (alguns minutos) ou longo (até muitas horas) em segundo plano:
sudo smartctl -t [short|long]
Dê uma olhada no link para mais detalhes sobre como testar o pendrive.