Não, não há lugar central. Qualquer aplicativo pode pegar certas chaves e usá-las como atalhos, e cabe a esse aplicativo escolher um método de configuração. Aplicativos GNOME geralmente usam o gconf. O Compiz e o Metacity até compartilham as chaves do gconf - esses são os atalhos que você pode ver nas propriedades do gnome-keybinding.