Falando de experiência pessoal, adicionar software não é trivial, porque o próprio CD é um repositório Yum / DNF e você precisa regenerar os metadados. Eu acredito que a ferramenta que você quer para manipulação é chamada createrepo [1], mas eu não tenho 100% de certeza sobre isso (faz alguns anos desde que eu tive que fazer isso eu mesmo, e eu não fui inteligente o suficiente na hora de documentá-lo ...).
Remover coisas é fácil, desde que a instalação não tente usá-las, basta remover os pacotes.
No que diz respeito à personalização da instalação, sugiro verificar o Kickstart [2], pois é assim que a maioria dos scripts e automação é feita, provavelmente é também a maneira mais fácil de obter uma instalação personalizada.
[1] link
[2] link