Aqui está minha própria resposta, mas provavelmente improvável:
# Find all lines with directories
# Remove all ls output before the path is listed
# Recreate the directory tree
grep '^d' archive_filelist.txt | sed 's|.*Archive\(.*\)|\"Archive\"|' | xargs mkdir -p
# Use tree as you would normally
tree -L 2 -d Archive
A lista de diretórios é um arquivo enorme (mais de 200 GB), então essa abordagem demora um pouco