Estou usando o Linux Mint 17, arch x64. Ao tentar sincronizar dois diretórios de duas partições NTFS montadas localmente diferentes, ele não reciclará, mas copiará apenas os arquivos encontrados no diretório de primeiro nível.
Funciona bem em 2 partições ext4.
Comando: rsync -rtv /path1 /path2
versão do rsync: 3.1.0
Tags ntfs rsync recursive linux-mint