mv laravelGithubApplication/* laravelFresh/
Conteúdo dos diretórios anteriores:
laravelGithubApplication/
laravelGithubApplication/file
laravelFresh/
laravelFresh/file
laravelFresh/vendor/
laravelFresh/vendor/file
Conteúdo dos diretórios depois:
laravelGithubApplication/
laravelFresh/
laravelFresh/file (overwritten)
laravelFresh/vendor/
laravelFresh/vendor/file
Como você deseja, arquivos duplicados ( file ) foram sobrescritos; diretórios existentes ( vendor ) permanecem intocados; e tudo "saiu" de laravelGithubApplication/ .