Você tem várias opções. O mais fácil é aumentar a versão e / ou o release quando você cria um novo pacote para que o comando rpm -U (upgrade) funcione normalmente. Se você não quiser fazer isso, use rpm -U --replacefiles --replacepkgs para reinstalar o pacote. Uma terceira opção é remover o pacote antes de instalar o "novo".
Em todos esses casos, todos os arquivos que fazem parte do paylod regular (ou seja, não estão marcados como noreplace config files) serão substituídos pelas versões mais recentes. É assim que funciona o RPM. Se você quiser percorrer o caminho de apenas atualizar as coisas que foram alteradas, precisará procurar gerar pacotes DRPM (Delta RPM), que contêm apenas diferenças de uma versão anterior. Isso exigirá que você incremente sua versão e / ou libere números quando for reconstruir. Eu nunca fiz pacotes delta RPM, então não posso oferecer nenhum conselho sobre eles.