Aposto que o seu problema é que você hiberna (suspende para o disco) um kernel e então inicializa o outro. Isso não funcionaria. Não tente resolvê-lo usando diferentes partições de troca para diferentes sistemas. Isto irá corromper o (s) seu (s) sistema (s) de arquivos mal o SO hibernado acordar e tentar gravar alguns arquivos depois que o outro sistema operacional tiver manipulado o sistema de arquivos. Você só pode fazê-lo sem o risco de perda de dados, caso tenha certeza de que não montará um sistema de arquivos já montado por um kernel hibernado.
Dito isto, as partições usadas para swap estão configuradas em /etc/fstab .