Obrigado @derobert por me ajudar com isso.
Acontece que, no meu caso, a unidade do sistema foi corrompida de alguma forma, por isso não foi possível encontrar os arquivos necessários para entrar novamente. Eu diferenciei as unidades que ele estava copiando, e parece que a cópia correu bem, eu estou supondo porque todas as instruções necessárias para fazer isso já estavam na memória quando a unidade começou a ir para o sul.
Mas parece que a solução aqui é recriar a imagem do sistema a partir de um backup em uma unidade diferente. (É por isso que você faz backups.)