Não há uma maneira 100% segura de encontrar todos os novos arquivos que foram instalados durante a instalação do make desde que você removeu os diretórios de compilação que podem conter uma lista dos arquivos instalados (mas geralmente não os sobrescritos).
Você pode tentar algo como
find /directory_path -mtime -1 -ls
(roubado de aqui ), mas você pode correr em todos os tipos de problemas se você fez mais alguma construção e instalar o prazo.
O método apt-get que você tentou, falha porque você confgurou, construiu e instalou fora do sistema integrado de gerenciamento de pacotes que o apt é.
No futuro, quando quiser fazer isso novamente, faça pelo menos um índice dos arquivos já instalados antes da parte make install
e faça o mesmo depois. A comparação desses índices deve fornecer os arquivos instalados e sobrescritos.
Boa sorte.